(一)彙整病人用藥、檢查檢驗等就醫紀錄，透過網路即時進行查詢
健保醫療資訊雲端查詢系統以病人為中心，整合保險對象近期至各特約醫事服務機構之門住診就醫及用藥紀錄與檢查檢驗結果的個人資料，讓院所於病人看診時，可透過健保雲端系統瞭解病人近期就醫資訊，為病人就醫安全把關。
民眾於診間看診時插入健保卡後，透過健保署專用讀卡機及醫師或藥事人員之醫事人員卡，若無其他系統因素，醫師或藥事人員就能在15秒內於螢幕上看到近期病人的資料，例如門住診就醫及用藥紀錄、檢查檢驗結果資料、手術紀錄等等。
線上查詢健保醫療資訊雲端查詢系統作業方式
(二)健保醫療資訊雲端查詢系統病人就醫紀錄與結果資料「批次下載」作業
為利特約醫事服務機構結合就診病人就醫與用藥安全及品質管理系統，經評估個人資料保護及就醫紀錄資料應用管理，特約醫事服務機構取得病人書面同意後，可下載病人就醫用藥紀錄與檢查檢驗結果等資料，結合院內醫療管理系統進一步分析病人處方交互作用之比對、藥物過敏史或不良反應紀錄之建置及查詢，進而發展更有效之醫療與用藥管理機制。
病人預約掛號後，醫院於病人就醫前24小時內彙整病人ID、就醫日期、同意書有效起迄日上傳健保署健保醫療資訊雲端查詢系統，進行資料比對後批次下載病人就醫用藥紀錄與檢查檢驗結果資料。
批次下載健保醫療資訊雲端查詢系統就醫紀錄與結果資料作業方式