企劃組
本署置署長1人、副署長2人、主任秘書1人，下設有企劃組、承保組、財務組、醫務管理組、醫審及藥材組、資訊組等6組，秘書室、人事室、政風室、主計室等4個行政單位及臺北、北區、中區、南區、高屏、東區等6個分區業務組。
企劃組掌理事項如下：
一、本署業務政策、施政方針、施政計畫及目標之研訂。
二、本署業務興革及技術發展之促進。
三、業務計畫執行之追蹤、管制與考核、業務作業規則及標準作業流程之考核。
承保組
四、國際合作交流業務之聯繫、參與、規劃、辦理及國際健保資訊之蒐集。
五、相關法令執行疑義之意見提供、重要訴訟案件之協辦與業務相關法規之彙編及印行。
六、本署業務宣導與人員專業培訓之規劃、辦理及評估。
七、其他有關企劃事項。
承保組掌理事項如下：
一、承保政策與法規之擬議、作業規則及標準作業流程之研訂。
二、保險費與滯納金之核計、徵收、催收、銷帳、行政執行及報列呆帳作業之規劃。
三、保險憑證之規劃及管理原則之研訂。
財務組
四、承保資料檔與作業系統之規劃及健保紓困基金貸款業務之規劃。
五、投保單位或保險對象承保事項查處與投保金額查核原則之研訂及違法案件之移送。
六、承保業務之研究發展、統計分析及技術促進。
七、其他有關承保事項。
財務組掌理事項如下：
一、財務政策與法規之擬議、作業規則及標準作業流程之研訂。
二、保險費率之精算、投保金額調整之擬議、健保財務收支之研析及各項健保政策財務收支影響之分析。
三、保險資金與安全準備之運用及資金運用收益之統計。
醫務管理組
四、代辦職業災害保險給付之收回及代位求償請款之辦理。
五、政府補助款、保險收入及醫療費用之撥付。
六、保險財務之現金、有價證券、票據之出納保管登記業務之規劃及執行。
七、財務業務之研究發展、統計分析及技術促進。
八、其他有關財務事項。
醫務管理組掌理事項如下：
一、醫務管理政策與法規之擬議、作業規則及標準作業流程之研訂。
二、醫療費用總額協定之擬議及各部門醫療費用總額之管理。
三、醫療支付制度之規劃與醫療給付項目之收載、核價等支付標準之擬訂及協商。
醫審及藥材組
四、醫療費用申報與支付業務之規劃、醫療費用欠費催收及報列呆帳之規劃、處理。
五、自墊醫療費用核退業務、山地離島與偏遠地區醫療業務之規劃及管理。
六、保險醫事服務機構提供醫療給付或保險對象領取保險給付查處原則之研訂及違法案件之移送。
七、醫務管理業務之研究發展、統計分析及技術促進。
八、其他有關醫務管理事項。
醫審及藥材組掌理事項如下：
一、醫療服務審查、藥品與特殊材料政策、法規之擬議、作業規則及標準作業流程之研訂。
二、醫療服務審查人力、規範、作業之研訂及管理。
三、電腦自動化審查及檔案分析審查之研訂。
資訊組
四、醫療服務品質指標、監控、輔導及資訊公開之研訂。
五、藥品之收載、核價、交易價格之調查、調整或品項之刪除及費用之監控。
六、特殊材料支付品項之收載、核價、價格調查、調整之研訂及費用之監控。
七、醫療服務審查、藥品、特殊材料業務之研究發展、統計分析及技術促進。
八、其他有關醫審及藥材事項。
資訊組掌理事項如下：
一、資訊系統與資訊安全之整體規劃、設計、推動、維護、檢討評核及教育訓練之籌辦。
二、電腦軟硬體設備、資料庫、整體網路之建置、規劃及管理。
三、電腦設備、網路之使用效率評估、監控、分析及調整。
秘書室
四、電腦主機與其週邊設備之操作、管理、維護及故障處理。
五、保險憑證資料管理中心之建置、營運及維護。
六、內、外部整合性資訊平臺之規劃及管理。
七、資訊業務之研究發展、統計分析及技術促進。
人事室
八、其他有關資訊事項。
秘書室掌理事項如下：
一、綜理本署文書、檔案、印信、出納、採購、庶務及財產管理。
二、國會聯絡及公關業務。
三、不屬其他各組、室事項。
人事室掌理本署人事事項。
政風室掌理本署政風事項。
主計室掌理本署歲計、會計及統計事項。
臺北、北區、中區、南區、高屏及東區業務組，掌理轄區事項如下：
一、承保業務之受理及執行。
二、保險對象與投保單位之輔導、查核作業之執行及行政救濟事件之辦理、保險憑證之核發。
三、保險費、滯納金及罰鍰之收繳、欠費之催收、訴追、報列呆帳相關作業之辦理。
四、為民服務與輔導納保作業之執行及健保紓困基金貸款業務之辦理。
五、醫事服務機構申請特約作業、特約醫事服務機構之輔導、查核與違規案件之核處及行政救濟事件之辦理。
六、醫療費用核付業務之執行、醫療費用欠費催收及報列呆帳之處理。
七、醫療品質提升業務與其他本署業務之執行及技術促進。
八、其他有關各區業務組事項。